Trong F.E.A.R. 1 và 2, cốt truyện của game xoay quanh nhân vật Alma cùng hai con trai Paxton Fettel, người được thừa hưởng khả năng tâm linh từ mẹ và chiến binh bí hiểm có tên gọi Point Man, nhân vật chính của phần đầu.
F.E.A.R. 3 giới thiệu cách chơi phối hợp mới mẻ theo kiểu phân hướng, theo đó người chơi có thể điều khiển một trong 2 nhân vật Point Man hoặc Fettel – đồng thời cũng đóng vai trò là kẻ địch. Fettel có thể giúp đỡ Point Man, tuy nhiên người chơi được phép quyết định làm nhiệm vụ một mình mà không cần đến sự trợ giúp này.
Cốt truyện FEAR 3 xoay quanh Alma, một thực thể kỳ bí và ma quái ẩn dưới hình hài của một cô bé với mái tóc rũ rượi và bộ váy đỏ tơi tả. Người chơi là kẻ dẫn đường mới của F.E.A.R. – một lực lượng đặc nhiệm bí mật của chính phủ Hoa Kỳ với nhiệm vụ bảo vệ nền an ninh quốc gia trước các thế lực tâm linh.
Họ sẽ lên đường thực thi nhiệm vụ mới là cộng tác với Delta Force chống lại Paxton Fettel, một người đàn ông bí ẩn bị ám ảnh bởi bóng ma của Alma nhưng lại nắm trong tay một lực lượng quân đội hùng hậu gồm toàn những siêu chiến binh được nhân bản vô tính.
Với nỗ lực làm tăng thêm mức độ kinh dị của game, vốn bị các fan cứng của thể loại này đánh giá chưa cao trong các bản game trước, quá trình thực hiện F.E.A.R. 3 sẽ có thêm sự góp mặt của đạo diễn John Carpenter, một bậc thầy của thể loại kinh dị của Hollywood. Nhà làm phim này vốn đã rất nổi tiếng với những bộ phim “classic” của dòng kinh dị như bộ phim Halloween năm 1978.
